Tahun 1965 Universitas Klabat (UNKLAB) didirikan dengan nama Perguruan Tinggi Klabat (PTK) yang dibina dan diawasi oleh Gereja Masehi Advent Hari Ketujuh (GMAHK) melalui Yayasan Perguruan Tinggi Klabat yang berlokasi di Kecamatan Airmadidi, Minahasa, Sulawesi Utara.  Pada mulanya, perguruan tinggi ini didirikan untuk menghasilkan pendeta-pendeta dan guru-guru yang akan melayani kebutuhan khusus organisasi GMAHK di propinsi-propinsi di Sulawesi, Maluku, dan Irian Jaya.  Selanjutnya seiring dengan perkembangan organsiasi GMAHK, dirasakan perlu untuk menyediakan tenaga-tenaga sekretaris dan akuntan, bahkan tenaga-tenaga sarjana di dalam bidang pertanian, komputer dan keperawatan yang juga diperlukan untuk pembangunan regional dan nasional.  Saat didirikan, PTK membuka program studi Diploma Dua Tahun (D2) untuk Teologia dan Pendidikan Sekolah Dasar.

            Ketika pada tahun 1970 PTK dirubah menjadi Sekolah Tinggi Klabat (STK) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 211/S/DPT/I/1970, maka dikembangkan program Sarjana Muda Empat Tahun untuk program studi Teologia dan Pendidikan Sekolah Menengah dan dibuka program D2 untuk program studi Sekretari dan Business Administration atau Commerce.  Selanjutnya program studi Commerce dikembangkan menjadi program sarjana muda yang diikuti dengan program studi sarjana muda Pendidikan Bahasa Inggris dan Pendidikan Agama untuk memperluas pelayanan terhadap kebutuhan masyarakat yang lebih luas.  Kemudian pada tahun 1982 terjadi perubahan dari STK menjadi Universitas Klabat melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0184/0/1982. 

Melengkapi fakultas eksakta yang sudah ada, pada tahun 1999 UNKLAB membuka Fakultas Ilmu Komputer (FIK) dengan program studi Sistim Informasi.

            Sekarang ini UNKLAB memiliki 2 (dua) Program Pascasarjana, 6 (enam) fakultas, 1 (satu) program profesi dan 1 (satu) akademi, yaitu: (1) Pascasarjana Magister Manajemen, (2) Pascasarjana Magister Teologi,  (3) Profesi Ners, (4) Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB), (5) Fakultas Filsafat, (6) Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), (7) Fakultas Ilmu Keperawatan (8) Fakultas Ilmu Komputer (FILKOM), (9) Fakultas Pertanian, dan (10) Akademi Sekretari Manajemen Indonesia Klabat (ASMI Klabat).