Semua program studi telah memperoleh Akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional (BAN-PT), dan juga telah memperoleh Akreditasi dari Adventist Accrediting Association (AAA) yang berpusat di Washington DC, Amerika Serikat.
Secara Institusi Universitas Klabat terakreditasi oleh BAN-PT dengan predikat: BAIK