Program Magister Teologi (M.Th.) yang ditawarkan oleh Pascasarjana Universitas Klabat disiapkan dengan kurikulum yang berbasis Alkitab dan berwawasan global. Proses pembelajaran dirancang secara mendalam melalui diskusi teologis, kajian literatur, serta analisis kasus pelayanan yang memadukan teori dan praktik dalam mengaplikasikan pengetahuan teologi di tengah konteks kehidupan nyata.

Keunikan dari program ini adalah kurikulum yang fleksibel dan relevan dengan kebutuhan pelayanan masa kini, dengan penyajian yang mencakup perspektif teologi historis, sistematika, biblika, serta misi dan kepemimpinan rohani. Program ini bertujuan untuk membentuk pola pikir kritis dan reflektif yang berorientasi pada pemecahan masalah, serta memperlengkapi mahasiswa menghadapi tantangan gereja dan masyarakat di era global.

Melalui Program Magister Teologi Universitas Klabat, lulusan diharapkan mampu menjadi pemimpin rohani, pendidik, peneliti, dan pelayan yang memiliki integritas, kedalaman spiritual, serta kompetensi akademik untuk memberikan kontribusi nyata bagi gereja dan dunia.